Clădită în 1834 la iniţiativa ieroschimonahului Iorest, pe locul vechii biserici de lemn a schitului (atestată în 1599 şi 1636, ridicată iniţial în hotarul Oşeştilor - ţinutul Vasluiului). În 1838, biserica de lemn a fost strămutată din incita mănăstirii în centrul satului, funcţionând şi astăzi ca parohie.
 
    După tradiţie, schitul Rafaila a fost înfiinţat de către Rafail (Radu) Bălteanu (fost călugăr la Mănăstirea Neamţ), pe moşia pe care o primise în dar de la domnitorul Ştefan cel Mare, după bătălia de la Podul Înalt - Vaslui din 1475.
 
    Risipit în timp, aşezământul monastic a fost refăcut de Eremia Băisanul, uricar, pe alt loc, în prima jumătate a secolului al XVII-lea. În 1809, a fost închinat mitropoliei  şi din 1840, Mănăstirii Socola din Iaşi. După secularizarea averii din 1863, şi-a continuat activitatea, fiind întreţinut de stat. Înainte de secularizare, deţinea peste 800 fălci de pământ, din care 100 fălci de pădure. După reforma agrară din 1864, mai avea doar 20 fălci, 16 prăjini şi 32 stânjeni de pământ,  constând în livadă, vie, iaz şi fânaţ. Între anii 1800 – 1841, în incita schitului a funcţionat o şcoală de dascăli bisericeşti, iar între 1860 - 1915, şcoala satului Rafaila.
 
    În 1959, aşezământul cu rang de mănăstire a fost desfiinţat, fiind folosit ca sediu de C.A.P., maternitate şi grajduri. În 1993, mănăstirea a fost reactivată, ansamblul fiind întregit cu chilii noi şi alte utilităţi gospodăreşti necesare desfăşurării activităţii monahale şi turistice.
 
    Biserica actuală are plan dreptunghiular, cu absidă decroşată pentagonală şi turn clopotniţă pe pronaos, intrare vest. Pridvor iniţial deschis cu patru coloane adosate. Prezintă o boltă semicilindrică pe naos, sprijină pe rezalite şi arcuri dublou, semicalotă pe altar. Faţadele sunt decorate cu elemente neoclasice (casete oarbe, cornişă cu muluri în retragere, ferestre rectangulare surmontate de un arc în plin cintru). Turnul – clopotniţă de formă prismatică are acoperiş de tip baroc. La intrarea în pronaos, deasupra portalului, se află inscripţia, scrisă în chirilică, cu datarea şi numele ctitorului. O parte din dota veche a bisericii este la Muzeul eparhial Huşi.
 
    Biserica „Naşterea Maicii Domnului” a Mănăstirii Rafaila, sat Rafaila, com. Rafaila, jud. Vaslui (cod LMI 2004:VS-II-m-B-06873)